PacBio Vega – Stoni sistem za HiFi (long read) sekvenciranje
PacBio Vega – Stoni sistem za HiFi (long read) sekvenciranje

PacBio Vega – Stoni sistem za HiFi (long read) sekvenciranje

PacBio Vega je prvi stoni sistem za HiFi sekvenciranje dugih očitavanja – dizajniran da donese istu preciznost PacBio Revio platforme u kompaktnom, laboratorijskom formatu.
Sa tačnošću od 99,9% po bazi, dužinom očitavanja ≥20 kb i propusnošću do 60 Gb po SMRT ćeliji, Vega omogućava istraživačkim i kliničkim laboratorijama da izvode sveobuhvatne genomske analize – bez kompromisa između kvaliteta podataka i dostupnosti.

Za razliku od short-read platformi, HiFi tehnologija simultano detektuje varijante sekvence i 5mC metilaciju u jednom runu, uz faziranje haplotipova.
Uz samo dva potrošna materijala i SMRT Link softver (dostupan i u Cloud verziji), postavljanje runa traje svega nekoliko minuta.

PDF Katalog
Sajt proizvođača
Kategorije: , Oznake: , , ,

Ključne karakteristike PacBio Vega sistema

1. HiFi preciznost bez kompromisa

Vega koristi Single Molecule, Real-Time (SMRT) tehnologiju sa Zero-Mode Waveguide (ZMW) optičkim sistemom – isti princip koji pokreće PacBio Revio sistem. Rezultat su HiFi očitavanja s tačnošću višom od 99,9% (Q30+) i prosečnom dužinom ≥20 kb, što je neophodno za pouzdanu detekciju strukturnih varijanti, repeat ekspanzija i haplofaziranje.

2. Kompaktni stoni format – za svaku laboratoriju

Za razliku od velikih NGS platformi, Vega je dizajniran kao stoni uređaj koji zahteva minimalan prostor i infrastrukturu. Kompaktna forma ga čini pristupačnim za istraživačke laboratorije, bolničke dijagnostičke centre i akademske institucije koje ranije nisu imale pristup tehnologiji dugih HiFi očitavanja.

3. Detektovanje metilacije u jednom runu

Za razliku od short-read sekvencera, PacBio Vega simultano detektuje 5-metilcitozin (5mC) metilaciju tokom samog sekvenciranja – bez dodatnih hemijskih tretmana ili posebnih protokola za bisulfitnu konverziju. Epigenomske informacije dolaze zajedno sa standardnom sekvencom DNK, bez dodatnih troškova i koraka pripreme.

4. Pojednostavljen tok rada – samo dva potrošna materijala

Ceo proces sekvenciranja zahteva samo SMRT ćeliju i Vega sekvencirnu ploču. Oba potrošna materijala imaju intuitivni ergonomski dizajn koji smanjuje mogućnost greške pri postavljanju. Sistem je kompatibilan sa celokupnim HiFi ekosistemom – biblioteke pripremljene za Revio mogu se direktno koristiti na Vega platformi.

5. Širok spektar aplikacija

Vega podržava sve ključne HiFi aplikacije:

  • Sekvenciranje celog genoma (WGS) – humani, biljni, životinjski i mikrobni genomi
  • Ciljano sekvenciranje – PureTarget repeat expansion panel, amplikon sekvenciranje
  • RNA sekvenciranje (Iso-Seq / Kinnex) – detekcija alternativnog splajsinga, puni transkripti
  • Epigenomika – direktna detekcija 5mC metilacije bez bisulfitne konverzije
  • Metagenomika – karakterizacija mikrobnih zajednica na nivou vrste i soja
  • Single-cell RNA sekvenciranje – punih izoformi na nivou pojedinačnih ćelija

Vega dolazi sa SMRT Link softverom za kontrolu instrumenta, praćenje runa i bioinformatičku analizu. Novi SMRT Link Cloud opcija eliminiše potrebu za lokalnom računarskom infrastrukturom, omogućavajući upravljanje instrumentom i obradu podataka direktno iz pregledača.